El cenobio fue fundado en el siglo X y vivió su mayor esplendor entre los siglos XI y XIII, para después perder gran parte de su influencia y su estatus abacial y quedar abandonado tras la desamortización de Mendizábal, en 1835. Durante la segunda mitad del siglo XX se han llevado a cabo diversos trabajos de restauración que han logrado conservar la arquitectura del templo y algunas de las dependencias monacales.
Según los documentos históricos, existía en el lugar una ermita propiedad de un tal «Egica», que fue comprada por los condes Gonzalo Betótez y su esposa Teresa Ériz, hija del conde de Lugo Ero Fernández, en el año 939, según la escritura de fundación del monasterio, actualmente perdida pero que conoció el padre Yepes, historiador del monasterio de San Martín Pinario.
Fallecido el conde, su viuda Teresa rogó al rey Ramiro I de Asturias que tomase Carboeiro bajo su protección, hecho que proveyó al monasterio de especiales privilegios de la Corona y la colocó bajo la jurisdicción directa de León durante su época de mayor prosperidad, desde el siglo X al XII, constituyéndose en abadía. Los herederos del condado, especialmente, Aragonta, hija de los fundadores y esposa del rey Ordoño II de León, siguieron defendiendo los derechos territoriales del monasterio sobre las tierras del Salnés.
Destruido por Almanzor en 997, dos años después fue restaurado por el rey Bermudo II que dispersó a la comunidad y llevó al lugar a dos presbíteros, Estrarico y Trasuario, para llevar allí una vida retirada según el estilo de san Benito de Nursia y la reforma de Benito de Aniano.[1] Desde ese momento el cenobio fue uno de los más influyentes de Galicia, con dominios sobre varias poblaciones e importantes abades, entre los que destaca san Fragildo. En 1209, el abad Fernando inauguró la iglesia, en estilo románico de transición al gótico.
Durante el siglo XIX se convirtió en refugio de las partidas que luchaban contra los franceses y después de bandidos y forajidos.
Tras la desamortización de Mendizábal, el monasterio pasó a ser propiedad particular, tiempo en el que se perdió la techumbre y sufrió diversos expolios, que provocaron su estado ruinoso en el siglo XX.[2]
En 1931, fue declarado Monumento Histórico-Artístico. A finales de los años 50 aumentó el expolio arrancando dos de las tres esculturas centrales del tímpano, que en la actualidad, se exponen en las vitrinas de la Sala XII del Museo de Arte Frederic Marés de Barcelona. Están datadas en el siglo XII y se atribuyen a seguidores del Maestro Mateo. Desde 1974 se han realizado diversos trabajos de restauración, que han permitido que sea visitable desde 2006 y que se realicen varios talleres educativos.
Lado sur del monasterio
El monasterio desde el río Deza
Vista exterior y restos de dependencias monásticas
Puerta de entrada actual
Vista exterior con rosetón del lado de la epístola
↑Madoz, Pascual (1846). Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de ultramar: Caa-Car. Est. tip. de P. Madoz y L. Sagasti. p. 540.
↑Bango Torviso, Isidro Gonzalo (1979). Arquitectura románica en Pontevedra. Fundación Pedro Barrié de la Maza. ISBN9788430008476.